Le Catacombe dei Cappuccini di Palermo sorsero come luogo di sepoltura dei frati del convento ed il loro attuale sviluppo è, per certi versi, frutto del caso. I Frati Cappuccini si stabilirono a Palermo, presso la chiesa di Santa Maria della Pace, nel 1534. Avevano creato un cimitero in cui seppellire i propri confratelli scavando una fossa comune che si apriva, come una cisterna, sotto l’altare di Sant’Anna.

In questa fossa/cisterna calavano dall’alto i defunti avvolti in un lenzuolo. Ben presto, però, la fossa/cisterna divenne insufficiente e nel 1597 i Frati decisero di dotarsi di un cimitero più grande. Iniziarono quindi lo scavo delle Catacombe (così era definito “qualsiasi cimitero sotterraneo” già in una Disposizione Papale del 380 d.C.) dietro l’altare maggiore, si dice, utilizzando l’esistenza di antiche grotte. Dopo due anni il nuovo cimitero era pronto.